Estão formadas as nove comissões do Conselho Deliberativo do Náutico, com os integrantes aprovados em plenário na reunião ordinária de fevereiro. O presidente Alexandre Carneiro informou pretender cobrar mais atividade das comissões, e que espera a proposição de alternativas e ações para consolidar uma cultura focada na prosperidade do clube, com base em sustentabilidade, segurança, austeridade e planejamento.
A Comissão de Projetos Estruturantes foi criada com a missão de planejar e estabelecer diretrizes de médio e longo prazos para o clube, em cumprimento à Resolução Náutico 2030. Outra missão é estabelecer uma política de institucionalização de acertos e prevenção de erros para todos os setores do clube. Também cabe a esta comissão cuidar da formação de novos dirigentes. Os integrantes terão interlocução direta com a vice-presidência executiva de marketing. Os integrantes são os conselheiros Rafael Marinho (presidente), Francisco Avelar, Luciano Leonídio, Rafael Coelho e Fernando Trigueiro.
Responsável por assessorar o Conselho Deliberativo nas questões relativas às finanças do clube, a Comissão de Finanças é integrada por Mário Celestino, Zildo Ernesto Ferraz, Edo Menezes e Gabriel Cavalcanti Neto. Esta comissão também tem a tarefa de dar apoio às atividades do Conselho Fiscal, que nesta gestão é formado por Marcos Lavor (presidente), Carlos Roma (vice-presidente) e Carlos Eduardo Brito (secretário).
A tradicional Comissão de Legislação e Justiça é integrada por Lítio Tadeu Costa Rodrigues dos Santos, Emílio Duarte de Souza e Silva, Fábio Muniz Guerra Nery, Rubens Inojosa e Luiz Antonio Gayão. Já a Comissão de Ética e Disciplina é formada por Marcell Halasz Gati, Arnaldo Borges Neto, Alexandre Asfora, Juliano Domingues e Paulo Monteiro.
As antigas comissões de futebol e esportes amadores foram fundidas, e agora chama-se Comissão de Futebol e Assuntos Esportivos. Tem como membros os conselheiros Luiz Eduardo Guerra (presidente), André Ayala Gitirana Rodrigues, Adriano de Lima Dantas e Leonardo Portela. A Comissão de Acompanhamento do CT é composta por Arlindo Ratis (presidente), Felippe Muniz Guerra Nery, Wesley Oliveira de Carvalho, Álvaro Santana e Thiago Galvão Costa.
Outras duas antigas comissões foram fundidas, a de patrimônio e a de Obras. Agora, a Comissão Patrimonial e de Obras fica responsável por qualquer demanda que possa afetar o patrimônio material ou imaterial do CNC, e faz a conexão entre o Executivo e o Conselho a respeito das obras de reforma dos Aflitos. São membros desta comissão Laércio Rosas Camelo Pessoa, Durval Valença Filho, Aluizio Araújo, Gláuber Vasconcelos e Maurício Pina.
A Comissão de Comunicação, Assuntos Sociais, Artísticos e Culturais será presidida pela conselheira e jornalista Éricka Vanessa Silva de Melo, tendo como membros ainda Rômulo Martins de Farias (responsável pelas confrarias), Adryana Carla de Mesquita e Tereza Carvalho. Por fim, a Comissão da Memória e do Museu tem a grande responsabilidade de dar continuidade ao projeto de modernização do museu e do memorial. É composta por Roberto Andrade (presidente), Luiz Antonio Soares de Melo, Paulo Alves da Silva e Jorge Queiroz.